Ang mestiso Espanyol na si Manuel Luis Quezon ay ipinanganak noong ika-19 ng Agosto, 1877 (bagamat ang kanyang opisyal na kaarawan ay ang ika-19 ng Agosto, 1878) sa Baler, Tayabas (ngayon ay nasa lalawigan na ng Aurora), kina Lucio Quezon, isang guro mula sa Paco, Manila, na isa ring retiradong sarhento sa sandatahang kolonyal ng Espanya, at Maria Dolores Molina, isa ring guro sa kanilang bayan.
Tinuruan siya ng isang pribadong guro mula 1883 hanggang 1887; pagkatapos ay pumasok siya sa San Juan de Letran kung saan siya nagtapos sa sekondarya noong 1889. Namatay ang kanyang ina sa sakit na tuberkulosis noong 1893, bago siya nagtapos ng summa cum laude sa kursong Bachelor of Arts sa Unibersidad ng Sto. Tomas (UST) noong 1894. Pagdating ng 1898, ang kanyang amang si Lucio at kapatid na si Pedro ay tinambangan at pinatay ng mga armadong lalaki noong pauwi sila ng Baler galing Nueva Ecija, dahil sa kanilang katapatan sa pamahalaang Espanyol.